Meðal hlutverka Hafrannsóknastofnunar er að veita stjórnvöldum og hagsmunaaðilum ráðgjöf og gefa umsagnir um nýtingu á auðlindum í sjó og ferskvatni á grundvelli sjálfbærniviðmiða og nýtingarstefnu.
Hafrannsóknastofnun er stjórnsýslunni til ráðgjafar á sínu verksviði og veitir ráðgjöf um sjálfbæra nýtingu auðlinda í sjó og ferskvatni

Ráðgjöf um nýtingu lifandi auðlinda
Veiðiráðgjöf Hafrannsóknastofnunar og Alþjóðahafrannsóknarráðsins (ICES) byggir á alþjóðlega viðurkenndum viðmiðum um varúðarnálgun og markmiðum um hámarksafrakstur. Hafrannsóknastofnun, með aðkomu ICES í sumum tilvikum, veitti ráðgjöf til stjórnvalda um aflamark á alls 37 nytjastofnum árið 2023.
Ráðgjöf tengd ferskvatni snýr mest að ráðgjöf um sjálfbæra nýtingu fiskistofna og lágmörkun á áhrifum framkvæmda.
Stofnunin sinnir einnig annarri ráðgjöf svo sem um mati á áhrifum framkvæmda, eldi í sjó og á landi og verndarsvæði í sjó.
Umsagnir
Hlutverk Hafrannsóknastofnunar er að veita lögboðnar umsagnir og vera Matvælaráðuneyti og öðrum aðilum innan stjórnsýslunnar til ráðgjafar. Lögbundnar umsagnir Hafrannsóknastofnunar árið 2023 voru 159 talsins.
Auk lögbundinna umsagna berast stofnunni ár hvert fjölmörg erindi þar sem kallað er eftir ráðgjöf eða upplýsingum er varða vistkerfi hafs og vatna.